Im Rahmen der Vorbereitung besteht der erste Schritt in der Patientenaufklärung. Es geht darum, den Patienten über den Ablauf sowie die Risiken der Untersuchung zu informieren. Teil des Aufklärungsbogens sind Fragen nach einer etwa bestehenden Medikamenteneinnahme (um mögliche Wechselwirkungen abschätzen zu können), der Funktion von Nieren und Schilddrüse sowie bekannten Unverträglichkeiten gegenüber dem Radiopharmakon.
Der Abstand zwischen der Erhebung der Nieren- und Schilddrüsenwerte und dem Untersuchungszeitpunkt darf nicht zu groß sein. Sind diese nicht bekannt oder liegen keine aktuellen Werte vor, muss der aktuelle Status labordiagnostisch erhoben werden.
Je nach Durchführung der PET-MRT kann zur Vorbereitung auch eine Nahrungskarenz gehören. Wird radioaktiv markierte Glukose verwendet (18F-Fluordesoxyglukose, FDG-PET) ist vor der Untersuchung eine Nüchternphase einzuhalten. Bei einer mit Gallium-68 durchgeführten PET braucht es diese Vorbereitung nicht.